En el mundo de la bioinformática y la biología de sistemas, la base de datos STRING se ha consolidado como una herramienta esencial para analizar interacciones proteína-proteína y asociaciones funcionales. Actualizada en 2025 con la versión 12.5, STRING integra datos de experimentos, predicciones computacionales y literatura científica, facilitando el descubrimiento de redes proteicas con direccionalidad. Si buscas entender para qué se usa STRING, sus aplicaciones en investigación reciente o cómo contactar al equipo, esta guía SEO-optimizada te lo explica paso a paso.

¿Para Qué se Usa la Base de Datos STRING?

STRING es un recurso gratuito y accesible que compila, puntúa e integra información sobre asociaciones proteína-proteína, incluyendo interacciones directas (físicas) e indirectas (funcionales). Su objetivo principal es ayudar a los investigadores a mapear redes complejas de proteínas en más de 12.500 organismos, desde bacterias hasta humanos.

Usos clave de STRING en bioinformática:

• Análisis de redes proteicas: Visualiza interacciones para identificar módulos funcionales, como vías metabólicas o complejos proteicos.
• Enriquecimiento de vías y funciones: Detecta si un conjunto de genes/proteínas está enriquecido en procesos biológicos (GO, KEGG), con correcciones FDR mejoradas en la versión 2025.
• Clustering y anotaciones: Agrupa proteínas por similitud y proporciona anotaciones automáticas, ideal para estudios genómicos y proteómicos.
• Aplicaciones en IA y ML: Descarga embeddings de redes para modelos de aprendizaje automático, permitiendo transferencias entre especies.
• Herramientas complementarias: Incluye APIs, descargas y software de escritorio para análisis locales.

Esta versatilidad hace de STRING una herramienta indispensable en investigación en cáncer, farmacología, genómica y más, al combinar datos curados con inteligencia artificial para una curación eficiente.

Casos de Uso Recientes de STRING en Investigación (2024-2025)

La actualización STRING 12.5 ha impulsado su adopción en estudios de vanguardia, especialmente en redes proteicas con direccionalidad para modelar regulación genética. Aquí van ejemplos recientes de aplicaciones de STRING en papers publicados en 2024 y 2025, destacando su rol en bioinformática aplicada:

• Análisis de toxicidad en cáncer renal (2025): En un estudio sobre el ftalato DEHP y carcinoma de células renales, STRING se usó en farmacología de redes para identificar blancos moleculares y mecanismos tóxicos, integrando interacciones con datos transcriptómicos.
• Mecanismos en cáncer de tiroides (2025): Investigadores emplearon STRING para elucidar cómo el fosfato Tris(2-butoxyethyl) contribuye al desarrollo tumoral, mapeando redes de proteínas reguladoras y prediciendo progresión vía enriquecimiento de vías.
• Genes relacionados con ferroptosis en sepsis (2025): STRING facilitó el screening de genes hub en análisis bioinformático, combinado con Cytoscape, para enriquecer funciones GO/KEGG y proponer dianas terapéuticas contra la muerte celular ferroptótica.
• Validación en leucemia mieloide aguda (2025): Para evaluar la expresión de NUP210 y su pronóstico, STRING validó asociaciones con genes como MEIS1 y HOXAs, integrando datos de ENCORI para redes interactómicas.
• Efecto protector de fármacos en lesión pulmonar (2024): En modelos de sepsis, STRING apoyó la farmacología de redes para el sufentanilo, identificando vías antiinflamatorias y protegiendo contra daño pulmonar agudo.
• Integración con IA para variantes genéticas (2025): Predicción de SNPs deletéreos en proteínas, usando STRING para redes de interacciones y herramientas de IA en bioinformática.

Estos casos ilustran cómo STRING acelera descubrimientos en investigación en cáncer, toxicología y enfermedades infecciosas, con énfasis en su nueva red reguladora para modelado predictivo.

Contacto con el Equipo de STRING

Para consultas técnicas, colaboraciones o soporte, el consorcio STRING (liderado por instituciones como EMBL y CPR) ofrece canales directos:

• Formulario de soporte general: Envía mensajes vía string-db.org/cgi/support.pl.
• Contactos clave de PIs (para proyectos colaborativos):
  • Peer Bork (EMBL): bork@embl.de
  • Lars Juhl Jensen (CPR, Universidad de Copenhague): lars.juhl.jensen@cpr.ku.dk

Responden en inglés preferentemente, pero el sitio soporta múltiples idiomas.

URL para Más Información sobre STRING Database

Explora la versión completa en string-db.org, donde encontrarás descargas, tutoriales y la documentación de STRING 12.5. Para papers detallados, consulta el artículo en Nucleic Acids Research (2025).

En un avance que podría transformar la lucha contra el cáncer asociado al virus del papiloma humano (VPH), investigadores del Mass General Brigham han desarrollado HPV-DeepSeek, una innovadora biopsia líquida capaz de identificar ADN del VPH en la sangre hasta 10 años antes de la aparición de síntomas. Esta herramienta no solo promete una detección precoz del cáncer de cabeza y cuello, sino que también podría reducir drásticamente los efectos secundarios graves de los tratamientos al permitir intervenciones en etapas iniciales. En este artículo, exploramos en detalle esta tecnología, sus fundamentos científicos y sus implicaciones para la salud pública.

¿Qué es HPV-DeepSeek y por qué es importante?

El cáncer orofaríngeo asociado al VPH representa alrededor del 70% de los casos de cáncer de cabeza y cuello en Estados Unidos, con tasas en aumento anual. Tradicionalmente, el diagnóstico ocurre cuando los tumores ya son sintomáticos y han crecido significativamente, lo que complica el tratamiento y eleva los riesgos de efectos secundarios como problemas de deglución, voz y calidad de vida. HPV-DeepSeek cambia este panorama al ofrecer una prueba de sangre no invasiva que detecta fragmentos microscópicos de ADN viral liberados por tumores incipientes.

Desarrollada por un equipo liderado por el Dr. Daniel Faden, oncólogo quirúrgico en Mass Eye and Ear (parte del Mass General Brigham), esta biopsia líquida se basa en la secuenciación del genoma completo del VPH, superando a métodos previos que solo analizan uno o dos fragmentos virales. El proyecto cuenta con financiamiento del Instituto Nacional de Salud (NIH) y ha sido publicado en revistas de prestigio como Clinical Cancer Research y Journal of the National Cancer Institute.

Cómo funciona la biopsia líquida HPV-DeepSeek

La tecnología de HPV-DeepSeek combina secuenciación de genoma completo con aprendizaje automático para analizar la sangre del paciente. Aquí va un desglose paso a paso:

1. Detección de ADN viral: Identifica fragmentos del genoma del VPH que se desprenden del tumor y entran en el torrente sanguíneo, junto con nueve factores adicionales en la sangre.
2. Secuenciación avanzada: A diferencia de pruebas comerciales existentes, examina el genoma completo del VPH, lo que aumenta la sensibilidad al buscar «cientos o miles de agujas en un pajar» en lugar de solo unas pocas.
3. Inteligencia artificial: Algoritmos de machine learning refinan los resultados, mejorando la precisión en muestras prediagnósticas.

Esta aproximación permite detectar el cáncer en etapas asintomáticas, con el caso más temprano registrado a 7.8 años antes del diagnóstico, y hasta 10 años con optimizaciones de IA.

Resultados impresionantes en pruebas iniciales

En estudios iniciales, HPV-DeepSeek demostró una sensibilidad del 99% y especificidad del 99% para diagnosticar cáncer en el momento de la primera presentación clínica, incluyendo etapas muy tempranas. Un análisis de 152 pacientes con cáncer de cabeza y cuello asociado al VPH y 152 controles sanos confirmó su superioridad sobre métodos estándar.

Otro estudio clave, utilizando muestras del Biobanco de Mass General Brigham, evaluó 56 muestras de sangre: 28 de individuos que luego desarrollaron el cáncer y 28 controles. Inicialmente, detectó ADN tumoral en 22 de 28 muestras prediagnósticas (79% de sensibilidad), con todas las muestras de control negativas (100% de especificidad). Al incorporar aprendizaje automático, la detección subió a 27 de 28 casos (96% de sensibilidad), incluyendo muestras de hasta 10 años antes.

Estos hallazgos, presentados en la Conferencia Especial de la AACR 2024 sobre Biopsia Líquida, validan su potencial para cribado poblacional, especialmente en poblaciones de alto riesgo.

Beneficios potenciales: Tratamientos tempranos y menos efectos secundarios

La detección precoz con HPV-DeepSeek podría revolucionar el manejo del cáncer de VPH al permitir tratamientos menos agresivos. En etapas tempranas, se podrían optar por terapias focalizadas que eviten radiación extensa o cirugía invasiva, reduciendo efectos secundarios graves como infertilidad, problemas dentales y alteraciones en la voz.

Como explica el Dr. Faden: «Detectar cánceres años antes podría cambiar drásticamente cómo tratamos a los pacientes, permitiendo menos tratamiento y menos efectos secundarios». Esto no solo mejora la supervivencia, sino también la calidad de vida, alineándose con enfoques de medicina personalizada.

El futuro de HPV-DeepSeek y próximos pasos

Los investigadores están validando los resultados en un estudio ciego con cientos de muestras del ensayo PLCO del Instituto Nacional del Cáncer. Además, exploran su uso en cribado rutinario, detección de enfermedad residual microscópica post-cirugía y aplicación a otros cánceres por VPH, como el cervical.

En resumen, HPV-DeepSeek representa un hito en la biopsia líquida para VPH, ofreciendo esperanza para una detección temprana que salve vidas. Si estás en riesgo (por ejemplo, por infección previa de VPH), consulta a tu médico sobre opciones de screening emergentes. Mantente informado sobre avances en detección temprana de cáncer orofaríngeo para proteger tu salud.

El problema global de la enfermedad de Parkinson

La enfermedad de Parkinson es un trastorno neurodegenerativo progresivo que afecta el sistema nervioso central, caracterizado por la pérdida de neuronas dopaminérgicas, responsables de producir dopamina, un neurotransmisor esencial para el control del movimiento, la memoria y el aprendizaje. Se estima que afecta a una de cada 100 personas mayores de 60 años, con una proyección de 12 millones de pacientes en el mundo para 2030.

La causa principal de esta enfermedad es la muerte de neuronas que producen dopamina, un proceso relacionado con dos factores clave: el aumento del estrés oxidativo (un desequilibrio entre radicales libres y antioxidantes que daña las células) y la acumulación excesiva de la proteína alfa-sinucleína, que forma agregados tóxicos. Aunque aún no se ha determinado si uno es consecuencia del otro, ambos desencadenan la autodestrucción programada de las neuronas (apoptosis).

Los síntomas incluyen temblores, rigidez muscular, lentitud de movimientos (bradicinesia), problemas de equilibrio, dificultades para caminar, alteraciones cognitivas y emocionales, y complicaciones autonómicas como problemas digestivos. Estos síntomas impactan significativamente la calidad de vida de los pacientes, y los tratamientos actuales, como la levodopa o la estimulación cerebral profunda, solo alivian los síntomas sin detener la progresión ni revertir el daño neuronal. Por ello, existe una urgente necesidad de terapias innovadoras que aborden la raíz del problema.

La solución propuesta por ExoMas: terapia biológica con exosomas

ExoMas S.A., una empresa de base tecnológica argentina, está desarrollando una terapia biológica pionera que utiliza exosomas derivados de células madre neurales (NSCs) para tratar la enfermedad de Parkinson. Los exosomas son vesículas extracelulares diminutas (de aproximadamente 100 nanómetros de diámetro) que las células liberan para comunicarse y transportar moléculas como proteínas, ácidos nucleicos y lípidos. En este caso, los exosomas se obtienen de células madre neurales de la corteza cerebral de embriones de ratón y se prueban en modelos celulares humanos que replican los efectos fisiológicos del Parkinson in vitro.

Un estudio publicado en Scientific Reports en 2025, liderado por Claudia Banchio, demostró que estos exosomas tienen un impacto significativo en dos modelos celulares de Parkinson: uno con sobreexpresión de alfa-sinucleína y otro con estrés oxidativo inducido. Los resultados muestran que los exosomas aumentan la supervivencia de las neuronas dopaminérgicas al reducir el estrés oxidativo y la apoptosis. Además, tienen un efecto preventivo: las neuronas tratadas previamente con exosomas muestran mayor resistencia al daño oxidativo. Esto se debe, en parte, a que los exosomas están enriquecidos en catalasa, una enzima antioxidante clave que protege a las células del daño oxidativo.

Los experimentos preliminares en modelos animales también son prometedores. Cuando se administran exosomas por vía intravenosa, estos atraviesan el torrente sanguíneo, llegan al cerebro y mejoran el daño neuronal. Este hallazgo sugiere que los exosomas podrían superar la barrera hematoencefálica, un desafío común en terapias neurológicas. Según Banchio, “las neuronas, aunque están enfermas, al ser expuestas a los exosomas sobreviven más. En el contexto de enfermedades crónicas como las neurodegenerativas, esto abre la posibilidad de desarrollar una terapia que revierta los daños que ya ocurrieron en el cerebro”.

Esta terapia no solo busca aliviar síntomas, sino proteger y potencialmente regenerar neuronas, lo que representa un avance significativo frente a los tratamientos actuales, que son meramente paliativos.

ExoMas S.A.: orígenes, equipo y apoyo institucional

ExoMas S.A. es una startup de base tecnológica fundada en Rosario, Santa Fe, en 2023, con el objetivo de desarrollar y comercializar esta terapia biológica para el Parkinson. La empresa nace del trabajo científico realizado en el Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR, CONICET-UNR), y se distingue por utilizar exosomas de células madre neurales, los cuales contienen altas cantidades de catalasa activa, una característica que los diferencia de los exosomas estudiados por otras tres empresas globales (en EE.UU., Inglaterra e Israel) que también investigan exosomas para enfermedades neurodegenerativas.

Integrantes clave del equipo:

• Claudia Banchio: Investigadora principal del CONICET en el IBR y Chief Scientific Officer (CSO) de ExoMas. Lidera el grupo de investigación y destaca el potencial de los exosomas: “Es un momento muy emocionante, creo que a veces hasta salto de alegría, porque estoy bastante convencida que los exosomas podrán ayudar a muchas personas”.
• Mercyleidi Díaz Reyes: Becaria doctoral del CONICET y primera autora del estudio publicado en Scientific Reports. Su trabajo se centra en analizar el contenido de los exosomas, y resalta: “Pudimos demostrar que nuestros exosomas naturalmente están enriquecidos en catalasa, y eso los diferencia de los exosomas que purifican otros grupos de investigación”.
• Otros colaboradores: El equipo incluye a investigadores como S. Gatti y S. Delgado Ocaña, coautores del artículo científico, así como representantes como Natalia Gottig y Pablo Etomatis, quienes han promovido el proyecto en eventos como el BCRAgtechForum2025 para conectar el conocimiento científico con el ecosistema tecnológico.

Apoyo institucional: ExoMas se beneficia del respaldo del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) y la Universidad Nacional de Rosario (UNR), instituciones que alojan al IBR, donde se realiza la investigación de base. El financiamiento inicial fue proporcionado por el comité de inversión SF500, una iniciativa de Bioceres S.A. y la Provincia de Santa Fe. Banchio subraya la importancia de esta sinergia: “El conocimiento científico que se genera desde mi laboratorio nutre a ExoMas para seguir avanzando, y los fondos permiten hacer la investigación mucho más rápida”.

Planes futuros y llamado a la inversión

El próximo objetivo de ExoMas es utilizar líneas celulares humanas aprobadas por la FDA para producir exosomas, lo que facilitaría la aprobación regulatoria y aceleraría el paso a ensayos preclínicos. Con el financiamiento adecuado, la empresa estima que en cinco a siete años podría desarrollar una terapia viable para el Parkinson, un avance que podría transformar el tratamiento de enfermedades neurodegenerativas.

Para continuar con este ambicioso proyecto, ExoMas busca nuevas inversiones que permitan escalar la investigación y avanzar hacia ensayos clínicos. Si querés apoyar esta iniciativa innovadora, contactá al equipo a través del Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR, CONICET-UNR) en Ocampo y Esmeralda, Predio CONICET-Rosario, 2000 Rosario, Santa Fe, Argentina, o al teléfono +54-341-4237070. También podés obtener más información en el sitio web oficial del CONICET.

Fuente oficial: CONICET. (2025). ExoMas: la empresa argentina de base tecnológica que apuesta a desarrollar una terapia de origen biológico contra la enfermedad de Parkinson. Recuperado de https://www.conicet.gov.ar/exomas-la-empresa-argentina-de-base-tecnologica-que-apuesta-a-desarrollar-una-terapia-de-origen-biologico-contra-la-enfermedad-de-parkinson/